Cell Res：曾木圣/白凡/钟茜合作发掘出鼻咽癌“上皮-免疫”双重特征细胞及其重要生物学功能

鼻咽癌（Nasopharyngeal carcinoma， NPC）是一种跟性状、环境等多因素具体的恶性，在里国北方地区、东南亚等邻近地区存活率较较低。由于在今后惠州邻近地区鼻咽癌存活率远较低于国内平均应用水平，因此NPC也被称为“惠州癌”。

爱泼斯坦-巴尔病毒（Epstein-Barr virus，EBV）致病是鼻咽癌的主要致癌因素之一，并在其遭遇困难重重过程里饰演了不可或缺的角色。中后期研究课题多数基于纹路两秘密组织或细胞会系比对，未能精致和准确的看单单实质上的表征。相比之下对于鼻咽癌实质上细胞会、EBV和微环境（TME）细胞会两者之间的相互作用，忽视全面性系统设计的重新认识。

针对此科学实验课题缺陷，清华学院生物科学学院白凡研究课题员开发团队与南京学院防治里心曾木圣/钟茜开发团队合作，研究课题开发团队适用最近的单细胞会mRNA两组测序应用（scRNA-seq），联结大比对遗传物质两组、mRNA两组和临床研究原始数据，以及低密度检测、多重免疫反应两组化、免疫反应荧光、CCK-8、ELISPOT、小鼠复制瘤、细胞会合计培养等多种检验手段，对鼻咽癌微环境完成了全面性系统设计的剖析研究课题，并鉴别单单一类奇特的“结缔两秘密组织-免疫反应”双重相似性细胞会亚集合起来。

日前，该研究课题以：Single-cell transcriptomic ysis defines the interplay between tumor cells， virus infection， and the microenvironment in nasopharyngeal carcinoma 为题，在线发表于 Cell Research 杂志。

在这项研究课题社会活动里，研究课题工作人员首先利用Smart-seq 2×和10×Genomics两种单细胞会mRNA两组应用平台对19个EBV+ NPC患儿的比对（其里3实有有配对转移位两秘密组织），以及7实有非患儿的鼻咽两秘密组织比对分析方法scRNA-seq应用，合计释放出来到大约104，000个单细胞会。

整体检验设计及来自26个比对的约104000个单细胞会暗示谱概况

经过深入的生物数据学分析方法，研究课题工作人员在单细胞会应用水平全面性系统设计的描绘了细胞会、EBV、间质和免疫反应细胞会等的mRNA两组著者。同时，研究课题工作人员在单细胞会应用水平阐述了NPC实质上表征，以及原位和转移位两秘密组织潜在的播散父子关系。对EBV遗传物质暗示著者相似性分析方法说明了，EBV潜伏期和裂解期遗传物质可在宿主同一细胞会内合计暗示。

值得注意的是，研究课题工作人员通过对单细胞会mRNA两组统计分析方法非负矩阵因子分解成（non-negative matrix factorization，NMF）方法判别其潜在的差异遗传物质程序里，鉴定单单一种特殊性的细胞会特异的“结缔两秘密组织-免疫反应”双重相似性，既细胞会既暗示定格的结缔两秘密组织细胞会研究课题（如EpCAM），又暗示一些免疫反应研究课题（如MHC-II类分子可，免疫反应遗传物质等）。

研究课题工作人员进一步联结免疫反应两组化和bulk-RNA统计分析方法，证实这种双重相似性的细胞会在鼻咽癌比对里广泛实际上，并且跟很低的临床研究HRS紧密联系。研究课题者通过游离细胞会系和小鼠复制瘤模型等机能检验，阐述单单不具备该“结缔两秘密组织-免疫反应”双重相似性的细胞会展现单单较强的成瘤控制能力。

单细胞会应用水平断定鼻咽癌细胞会奇特的“结缔两秘密组织-免疫反应”双重相似性亚集合起来，该亚集合起来在鼻咽癌比对里广泛实际上并与临床研究很低HRS具体

接下来，研究课题工作人员通过单细胞会mRNA两溶剂析方法，全面性描绘出了鼻咽癌与非鼻咽两秘密组织免疫反应微环境里的T细胞会分集合起来、mRNA静止状态和免疫反应介导/耐受情况，以及髓系细胞会分集合起来、mRNA静止状态和发育轨迹。

单细胞会应用水平描绘出鼻咽癌与非鼻咽两秘密组织免疫反应微环境里的T细胞会分集合起来、mRNA静止状态和免疫反应介导/耐受情况

通过计算IFN-α 和IFN-γ暗示分值，较为来源与非来源细胞会的各类型细胞会IFN分值差异，研究课题工作人员断定NPC微环境里主要细胞会类型都有许多现代较低的IFN-α 和IFN-γ分值，说明这种根本原因酪氨酸号召大幅提高普遍实际上于NPC微环境里。这个相似性在其他里尚未另据，可能总结了致病与细胞会对微环境的协同受到影响这一人格特质。

接下来，研究课题工作人员分析方法scRNA-seq原始数据的细胞会选择性标记物，对140实有未经用药的鼻咽癌原位两秘密组织的bulk RNA-seq原始数据比对完成判别，根据这些遗传物质在微环境里的差异暗示相似性，将其分为G1-G5合计5两组亚型。联结这些原始数据比对的病实有临床研究数据，对它们的生存HRS父子关系完成了两组别分析方法较为。结果说明了，该分子可分型方法为NPC患儿临床研究HRS包括了一种一新生物标记物。

单细胞会统计分析方法发掘一新鼻咽癌免疫反应微环境HRS分型模型及细胞会与免疫反应微环境细胞会互作父子关系分析方法

就此，通过单细胞会细胞会-免疫反应微环境互作分析方法，研究课题工作人员意外地断定“结缔两秘密组织-免疫反应”双重相似性细胞会亚集合起来对于免疫反应微环境里的T细胞会实际上更强的免疫反应抑止和诱导机能。低密度细胞会检验分析方法证实了鼻咽癌免疫反应微环境里暗示合计抑止分子可复合物的增生T细胞会数目与“结缔两秘密组织-免疫反应”双重相似性细胞会实际上于是以具体性。进一步的合计培养检验断定双重相似性细胞会不具备抑止CD8+ TILs分泌IFN-γ控制能力，这可能是造成增生T细胞会耗竭的不可或缺主因。

“结缔两秘密组织-免疫反应”双重相似性细胞会对于T细胞会不具备突出的抑止和诱导机能

综上，该研究课题在单细胞会应用水平全面性看单单了鼻咽癌微环境细胞会两溶剂和EBV暗示著者，同时判别了细胞会、EBV和TME非细胞会两者之间的互作父子关系，为研究课题NPC包括了极好的参考。特别是，该研究课题断定的“结缔两秘密组织-免疫反应”双重相似性细胞会亚集合起来，拓展了对于细胞会性状变化的全新重新认识。

据悉，清华学院微生物学前沿创新里心金善钊麻省理工学院（已毕业）、麻省理工学院后李若岩（现社会活动于英国Sanger Institute）和尉超（现社会活动于天津巴斯德研究课题所），南京学院防治里心陈明远麻省理工学院、唐林泉副儿科为本文并列第一写作者。南京学院防治里心曾木圣麻省理工学院、钟茜副研究课题员，以及清华学院微生物学前沿创新里心白凡研究课题员为本文合作通讯写作者。哈佛医学院Brigham青年人医务工作人员Bo Zhao麻省理工学院，Benjamin E. Gewurz麻省理工学院，以及英国格洛斯特学院格洛斯特医学院Lawrence S. Young麻省理工学院为本研究课题包括了不可或缺指导。该研究课题关键项目同时得到了国际两秘密组织课题研发计划、国际两秘密组织生物科技关键专项、国际两秘密组织历史学基金会、惠州省课题研发关键项目，以及惠州省历史学基金会等的支持。

原始单单处：

Shanzhao Jin , Ruoyan Li, Ming-Yuan Chen, et al.Single-cell transcriptomic ysis defines the interplay between tumor cells, viral infection, and the microenvironment in nasopharyngeal carcinoma.Cell Res. 2020 Sep 8. doi: 10.1038/s41422-020-00402-8.